L’Acquario di Genova collabora attivamente da anni con Enti e Istituzioni per progetti di salvaguardia e tutela degli ambienti acquatici.
L’obiettivo di queste attività è di recuperare, riabilitare e reinserire in natura gli animali soccorsi.
In particolare, il Centro Studi Cetacei per il soccorso di Cetacei spiaggiati  e il recupero di tartarughe marine in difficoltà, l’ufficio CITES del Corpo Forestale dello Stato per l’affidamento e la gestione di animali sequestrati, la provincia di Savona per la salvaguardia delle specie autoctone Liguri.